Остров Шикотан является самым крупным островом Малой Курильской гряды. Характеризуется низкогорно-холмистым рельефом со средними высотами около 200-250 м над ур. м. Самая высокая точка острова – гора Шикотан (405 м).

Горы Ноторо (357 м) и Томари (356 м) являются постройками потухших кайнозойских вулканов и сложены древними вулканическими образованиями. Северо-восточная и юго-западная части острова более возвышенные, чем центральная.

Береговая линия Шикотана сильно изрезана, здесь располагается множество небольших удобных бухт.

На северо-востоке острова расположен мыс Край Света, широко известный среди туристов и художников. Представляет собой скалу, уходящую на километр в воды Тихого океана и обрывающуюся вниз 40—50-метровыми уступами.

Другие острова Малой Курильской гряды (Зелёный, Юрий, Танфильева и др.), которые также являются территорией заказника «Малые Курилы», представляют собой плоские поверхности, поднятые над уровнем океана на высоту около 20 м, обдуваемые сильными ветрами, в результате чего древесные формы здесь отсутствуют. Местами местность заболочена.

Более мелкие острова представляют собой отдельно стоящие скалы.

На островах Малой Курильской гряды речная сеть почти неразвита. На Шикотане насчитывается пять рек и несколько ручьёв.

Наиболее крупные – реки Горобец и Островная, по протяженности не превышают 8 км. Имеется ряд относительно крупных озёр на островах Шикотан, Полонского, Зелёный, Танфильева, Юрий.